これは本人に確認すべきことでしょうか？

本人が直接教えてくれなかった時点で、空気を読むべきでは？

まぁ、空気読めない男って女に一番きらわれるからな....。

ドンマイ。

質問に答えてくれよ。

卒業前に携帯番号を教えてもらう約束？
なぜすぐに教えてくれなかったのだろう？

彼氏に聞いて？
なぜ本人が教えてくれなかったのだろう？

真実は彼女しか分からないけど、一般的にはあなたと関わりたくないけど面と向かって断れない。だから彼氏に頼んで断ってもらった。
そんなとこじゃないの？

全部聞かなきゃ分かんないの？

そりゃそうだろ。
3年間仲良く過ごしてたんだから。
んなことありえないと思ってた。

理由は、"彼氏がいるから"でしょうね。

仲良くしてたって言っても、休みの日に遊んだりする仲ではなく、学校の中でしょう？
「学校の中で仲良くする分には良いけど、プライベートでは付き合わない」
とか
「彼氏がいる手前、やたらと男と連絡取りたくない」
とか、色々理由はあるでしょう。

彼氏がいるので、その後遊ぶことも連絡取り合うことはない。
つまり、連絡先を交換する必要性がないとかね。
共通の友達でもいれば違うでしょうけど。

関わりたくない云々は、あなたと彼女を遠ざけるための彼氏がついた嘘である可能性もありますが、
彼女はあなたに連絡先を教えたくないのは確か。

その程度にしか思われてなかったと考えて、フェードアウトしたほうがいいと思います。
いつか同窓会でもあったときに、「あのとき何で…」と聞いてみたらいいでしょう。